2015年11月25日，由國家海關總署、財政部、國家稅務總局、國家外匯總局四部委于聯合批準設立；鹽城港保稅物流中心是鹽城地區唯一一家保稅物流中心（B型），是允許多家企業進入并從事保稅倉儲物流業務的海關集中監管場所。以港口為依托，以市場需求為導向，對完善我市沿海集疏運體系、做優對外開放載體平臺、加速臨港企業集聚發展具有積極地推動作用。

鹽城港保稅物流中心現建有倉庫6棟，共計倉儲面積55000平方米，其中包括月臺式倉庫4棟、通用式倉庫1棟、冷鏈倉庫1棟；集裝箱、散貨堆場共5萬平方米；監管倉庫，驗貨平臺，卡口及控制室，進境肉類、水果綜合型指定監管場地，跨境電商監管平臺。具備年處理貨物200萬噸以及10萬標箱的綜合能力。

2024年9月份，預計新投入使用14萬平方米通用倉庫，3.5萬噸冷庫；增加貨物年處理能力600萬噸，凍品年處理能力12萬噸。統一規劃建設將實現多種監管場所分類監管到多合一集約化監管，充分發揮監管資源的集聚效應，形成管理合力，提高管理效能。

保稅物流中心進境肉類、水果綜合型指定監管場地已于2023年通過海關總署國家級驗收，填補了江蘇中部地區無進境肉類及進境水果指定監管場地的空白，為進出口企業提供開展進口肉類、水果等冷鏈業務的冷鏈基地。

根據鹽城市跨境電商“1+4+N”的整體布局，鹽城港保稅物流中心作為鹽城跨境綜試區核心區，將大力開展跨境電商“網購保稅進出口”（1210）模式業務，依托鹽城港跨境電商園，以“網紅經濟+商圈產業+直播平臺”為核心優勢，積極構建“區塊鏈貿易”“跨境物流+云倉”“跨境+產業帶”等新業態模式，與國內外企業開展跨境電商合作，打造鹽城地區國內國際“雙循環”標桿電商園區，引導傳統企業向外貿轉型。

鹽城港跨境電商園地處大豐海港新城核心區，前期總投資1.5億元，占地面積2.1萬平方米，建筑面積3.9萬平方米，于2022年6月正式開園。主要進行自營和代理各類商品和技術的進出口業務服務，在鹽城港保稅物流中心擁有保稅區A2倉庫作為跨境電商監管中心。打造集線上集成+跨境貿易+綜合服務功能型園區，全力構造投資貿易便利化、監管服務高效化、法制環境規范化、極具鹽城特色的沿海跨境電商創新示范園區。利用大豐港的地緣優勢，打造以日韓市場為主、輻射東南亞及歐美地區的跨境電商進出口物流集散中心。